تفاوت gcc و gfortran در این است که gfortran کتابخونه‌ها رو به صورت خودکار لینک می‌کنه به برنامه‌ی شما.

• The difference with gcc is that gfortran will automatically link the correct libraries to your program.

منبع:

http://gcc.gnu.org/onlinedocs/gcc-4.7.2/gfortran/About-GNU-Fortran.html#About-GNU-Fortran