تفاوت اصلی این سیستم‌عامل‌ها این است که PC-BSD کاربران خانگی و دسکتاپ‌ها را مورد هدف قرار داده در حالی که سرویس‌دهنده ها هدف اصلی FreeBSD هستند. اساسا PC-BSD یک نسخه سفارشی‌شده از FreeBSD است؛ نه یک انشعاب. با انتشار هر نسخه از FreeBSD، توسعه دهندگان PC-BSD تنظیمات مورد نظر خود را بر روی آن اعمال کرده و سپس آن را منتشر می‌کنند. بنابراین شما از تمامی قابلیتهای FreeBSD برخوردار هستید. در حقیقت PC-BSD همان FreeBSD است به اضافه یک نصاب گرافیکی، یک مدیر بسته گرافیکی و تعدادی برنامه و تنظیمات اضافی دیگر. تفاوت‌های اصلی این دو سیستم‌عامل را می‌توان به صورت زیر بیان کرد:

PC-BSD از یک نصاب گرافیکی بسیار عالی برخوردار است که به کمک آن می‌توانید با چند کلیک ساده اقدام به نصب و پیکربندی PC-BSD نمایید. در حالی که FreeBSD از نصاب‌های bsdinstall و sysinstall استفاده می‌کند. البته امکان استفاده از این نصاب‌ها هم در PC-BSD وجود دارد.

FreeBSD به صورت پیشفرض محیط گرافیکی نداشته و شما باید به صورت دستی اقدام به نصب محیط گرافیکی مورد نظر خود نمایید. اما PC-BSD به همراه چند میزکار گرافیکی عرضه می‌شود که در هنگام نصب PC-BSD می‌توانید  یکی از آنها را به دلخواه انتخاب کنید. میزکار پیشفرض در PC-BSD میزکار معروف KDE است.

نصاب PC-BSD امکانات بیشتری را در اختیار کاربر قرار می‌دهد. همانند نصب بر روی ZFS و رمزگذاری پارتیشن‌ها. همینطور این نصاب این امکان را به شما می‌دهد تا یک FreeBSD خالص را از روی دیسک PC-BSD نصب کنید!

PC-BSD ابزارهایی گرافیکی برای مدیریت و پیکربندی سیستم تدارک دیده که کاربران مبتدی به راحتی می‌توانند از آنها استفاده کنند.

نصب نرم‌افزار‌ها در FreeBSD به دو طریق ممکن است: استفاده از بسته‌های باینری و استفاده از مجموعه پورت‌های FreeBSD. اما PC-BSD علاوه بر این دو روش، سیستم‌ مدیریت بسته‌های نرم‌افزاری مخصوص به خود موسوم به PBI ها را دارد. به کمک PBI ها می‌توانید برنامه‌های دلخواه خود را به ساده ترین شکل ممکن و تنها با یک دابل کلیک نصب کنید. همچنین PC-BSDیک ابزار گرافیکی بسیار عالی برای مدیریت بسته‌های نرم‌افزاری در اختیار کاربر قرار می‌دهد.

PC-BSD حاوی تنظیماتی است تا بر روی کامپیوترهای خانگی بهتر اجرا شود. از جمله این تنظیمات می‌توان به یک هسته سفارشی شده، بهینه‌سازی‌هایی در فایل‌های sysctl.conf و rc.conf، اسکریپت‌هایی برای خودکار سازی برخی وظایف و فعالیتها و … اشاره کرد.

در حقیقت هیچ تفاوت اصلی بین این سیستم‌عامل‌ها وجود ندارد. بسیاری از امکاناتی که در PC-BSD وجود دارند، قابل پیاده‌سازی در FreeBSD هم هستند.