برای رمزگذاری فایل‌ها در گنو/لینوکس می‌توانید از نرم‌افزار GNUPG استفاده کنید که امنیت بسیار بالایی را فراهم می‌آورد این نرم‌افزار یک نرم‌افزار آزاد بوده و یک ابزار GNU است. از این دستور می‌توانید در Solaris و BSD ها نیز استفاده نمایید.

برای رمزگذاری یک فایل توسط GPG از دستور زیر استفاده کنید.

gpg -c filename

به عنوان مثال اگر بخواهیم فایلی با نام  myfinancial.info.txt، که مثلا اطلاعات مالی شرکت شماست را رمزنگاری کنیم از دستور زیر بهره میبریم:

gpg -c myfinancial.info.txt

بعد از اجرای دستور فوق خروجی به صورت زیر اجرا خواهد شد که با نوشتن گذرواژه مورد نظر می‌توانید فایل را رمدنگاری کنید.

Enter passphrase:<YOUR-PASSWORD>
Repeat passphrase:<YOUR-PASSWORD>

فایل ایجاد شده نهایتا myfinancial.info.txt.gpg  خواهد بود، توجه لازم را در هنگام نوشتن گذرواژه داشته باشید زیرا که اگر گذرواژه را فراموش کنید به هیچ وجه (شاید به سختی این کار انجام شود!) قادر به بازیابی فایل نخواهید بود.

در نهایت هر وقت که بخواهید آن را از حالت رمزگداری شده خارج کنید می توانید دستور زیر را اجرا نمایید.

gpg myfinancial.info.txt.gpg

خروجی دستور فوق به صورت زیر خواهد بود که بعد از وشتن گذرواژه فایل شما رمزگشایی خواهد شد و با پسنوند قبلی آماده‌ی استفاده است.

gpg myfinancial.info.txt.gpg
gpg: CAST5 encrypted data
Enter passphrase:<YOUR-PASSWORD>

اگر می‌خواهید فایل خروجی، نام دیگری داشته باشد از کلید -o به شکل زیر استفاده نمایید:

gpg myfinancial.info.gpg –o vivek.info.txt

در ضمن امنیت این نوع رمزنگاری به‌شدت بالاتر از رمزنگاری در فایل‌های آرشیو می‌باشد بنابراین استفاده از GPG تضمین‌شده تر خواهد بود.